L'orgue de l'église de Seysses est un instrument romantique, de la facture Théodore PUGET et fils, datant de 1867. Quelques jeux plus anciens sont réutilisés, provenant certainement de l'orgue construit par le même facteur en 1845. A cette date, la fabrique de Seysses fait l'acquisition du buffet doré de l'église de Saint Nicolas à Toulouse.

Cette reprise de jeux plus anciens est à rapprocher de la reconstruction de l'orgue de Muret par les facteurs POIRIER et LIBERKNECHT en 1865 - à souligner une très belle flûte 8 en bois installée par PUGET en 1845, absolument identique à celle de Seysses.

Un relevage de l'orgue est effectué en 1900. Quelques petites modifications interviennent alors :

- Suppression de la pédale d'orage
( effet sonore très utilisé dans la musique romantique et symphonique ).
- Déplacement de la commande du jeu de bombarde, qui passe de manuelle à la pédale.

En 1948, la soufflerie électrique remplace une personne, le "souffleur", qui actionnait un pédalier permettant de remplir d'air les réservoirs. Cette soufflerie ne sert en fait que le 6 avril 1950, jour de l'installation électrique de l'église en 220 volts.

Monsieur Etienne GAGNERE, organiste à Seysses pendant de nombreuses années, fait remplacer un jeu de doublettes par un plein jeu de 3 rangs dans les années 1950. Durant cette période, l'orgue rehausse la vie liturgique de la paroisse et enrichit le patrimoine du village.